原来，早在联军合围南阳之前，隶属于联军情报和敌后作战体系的王如金，与名士傅山领导的民间抗清义军“忠义社”便已活跃在南阳周边山区与乡村。他们行踪飘忽，避实击虚，不断袭扰清军的补给线，收集情报，铲除汉奸。
此番南阳大战，他们更是奉命提前潜入附近山林，像耐心的猎人一样，伺机而动。王如金麾下多是熟悉本地情况的精锐夜不收和轻装步兵，而傅山的“忠义社”则汇聚了三教九流，有失地的农民、逃亡的军户、心怀故国的书生，甚至还有少数被逼落草的绿林好汉，他们或许装备低劣，但抗清意志极为坚定。
当正面战场陷入尸山血海的僵局，王如金与傅山通过观察和情报分析，准确判断出，清军连日作战，消耗巨大，其后勤补给，尤其是粮草，必是命门所在。他们派出的精干细作，历经艰险，甚至付出了生命的代价，终于找到了清军位于城西一处隐蔽山谷中的大型粮仓。此地虽有重兵把守，但注意力大多被正面战场吸引，守军难免松懈。
是夜，月黑风高，正是动手的良机。王如金亲率数十名身手矫健、擅长攀爬和潜伏的游击队员，利用夜色的掩护，如同狸猫般悄无声息地摸掉了外围的哨兵。同时，傅山动员了数百名义军，携带火油、硝磺等引火之物，在外围策应，并负责阻击可能的援军。时机一到，王如金发出信号，无数支火箭如同流星般射向巨大的粮囤，早已泼洒了火油的草料和粮垛被瞬间点燃，火借风势，风助火威，瞬间便成燎原之势，烈焰腾空，浓烟滚滚，照亮了南阳西边的夜空，连城头的清军都看得清清楚楚。
城头的多铎、阿济格等人看到西边冲天而起的火光，大惊失色。粮草若失，军心必乱，这南阳城再坚固也守不下去。性格暴躁骁勇、且深知粮草重要的耿继茂，不待多铎新的指令，便咆哮着点起麾下最精锐的数千兵马，冲出西门，直扑火场，企图扑灭大火，保住这维系全军命脉的粮草。他立功心切，甚至没有做充分的侦察。
然而，他救火心切，一头钻进了王如金和傅山在通往粮仓必经之路——栖凤岗设下的死亡陷阱。
栖凤岗，地势崎岖，林木茂密，道路狭窄，两侧是起伏的丘陵。耿继茂的救火队心急火燎地闯入谷地，一心只想着前方那映红天空的火光，队形在狭窄的道路上拉得很长。突然，两侧山坡上响起了震天的锣鼓声、梆子声和喷亮的喊杀声，打破了夜的寂静。
没有整齐的军阵，没有统一的号衣，出现在清军眼前的，是衣衫褴褛却目光坚定的农民，是手持简陋刀矛甚至锄头、草叉的工匠，是身着儒衫却挥舞着长剑、面容清癯的书生。他们如同从地底涌出，从树林中钻出，用土地雷、毒弩、竹矛，甚至是石块，向着装备精良的清军发起了亡命的攻击。他们的脸上带着仇恨，带着与侵略者不共戴天的决绝。
“杀鞑子，复华夏！”
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“为死去的乡亲父老报仇雪恨！”
悲愤的呐喊声汇成一股复仇的洪流，在山谷间回荡，震人心魄。
耿继茂初始并不以为意，甚至感到被冒犯，他挥舞长刀，连连砍翻数名冲上来的义军，口中大骂：“乌合之众，泥腿子，螳臂当车，也敢挡我道路，给本王杀光他们！”他自恃勇力，认为一个冲锋就能击溃这些不堪一击的“乱民”。
但他很快发现，自己错了，而且错得离谱。这些“乌合之众”极其擅长利用地形，他们并不正面硬撼清军的刀锋，而是神出鬼没，三人一队，五人一组，利用树木、岩石掩护，打冷箭、设绊索、挖陷坑，战术灵活刁钻，狠辣有效。清军队伍在狭窄的山道上施展不开，骑兵更是成了累赘，反而被不断分割、冲散，陷入各自为战的窘境。义军们往往从意想不到的角度发起攻击，砍一刀或射一箭就退入黑暗，让清军防不胜防。
耿继茂身边的亲兵在冷箭和突袭下一个接一个倒下。混乱中，一支从幽暗的树丛中射出的淬毒弩箭，如同潜伏的毒蛇般悄无声息，精准无比地射中了正在挥刀指挥、暴露了脖颈的耿继茂！
“呃……”耿继茂闷哼一声，手中长刀“哐当”坠地，他难以置信地捂住迅速肿胀发黑的伤口，剧痛和麻痹感瞬间传遍全身。毒液迅速蔓延，他壮硕的身躯晃了晃，脸上充满了惊愕、不甘以及对死亡的恐惧，他想说什么，却只能发出“嗬嗬”的声音，最终轰然倒地，气绝身亡。这位在历史上也曾“功勋卓着”、追随孔有德投清的汉人王爷，最终未能死在他效忠的“主子”所期待的正面战场上，而是殒命于一群他始终看不起的“泥腿子”和“书生”手中，结局充满了历史的讽刺。
主将突然阵亡，出城的清军瞬间群龙无首，士气彻底崩溃。非但未能救火，反而被同仇敌忾的游击队和义军分割包围，几乎全歼。城西粮仓的大火失去了最后的控制，火势愈发猛烈，映红了半边天空，那跳动的火焰，也映亮了南阳城头多铎、阿济格等人苍白而惊怒的脸庞。粮食被焚，大将战死的消息如同瘟疫般在城内守军中蔓延开来。
正面战场上，一直密切关注城西动向的李定国、黄得功、李过等将领，几乎在同一时间发现了战机的降临。
“城西火起，清军已乱，天助我也！将士们，破敌就在今日！”李定国猛地抽出战刀，雪亮的刀锋在火光映照下寒光一闪，声如洪钟，瞬间传遍了前沿阵地，“全军听令，总攻！”
“总攻，总攻，杀进南阳城！”压抑了数日的怒火与斗志，在这一刻彻底爆发。联军所有预备队全部投入战场，战鼓擂动得如同疾风暴雨，号角连天，吹响了决战的旋律。士兵们如同被注入了一股新的力量，如同惊涛骇浪，向摇摇欲坠的南阳城发起了最后的、也是最猛烈的冲击。
城内清军因粮仓被毁、大将耿继茂战死的消息传来而军心动摇，恐慌像瘟疫一样蔓延。许多汉军旗和绿营兵开始人心惶惶，炮火的密度出现了短暂的、但却是致命的减弱和混乱。
就是这稍纵即逝的机会，被联军前线指挥官和那些悍不畏死的敢死队员死死抓住。
“爆破队，上，是时候了！”李过亲自督战，声音沙哑却充满杀气。
早已准备多时，浑身绑满炸药包的敢死队员，在战友用生命构成的掩护下，如同猎豹般从藏身处跃出，终于冲到了此前一直在艰难挖掘的城墙根下。他们将数个巨大的炸药包堆叠在一起，点燃了那决定命运的引线，然后迅速翻滚撤离，寻找掩护。
“轰隆——”一声前所未有的巨响，仿佛天崩地裂，整个大地都在剧烈颤抖。南阳城那看似坚固的城墙，终于在一声巨响中，被炸开了一个数丈宽的巨大缺口，砖石横飞，烟尘如同蘑菇云般冲天而起。
“城墙破了，天佑华夏，杀进去啊！”缺口处，联军士兵发出了震天的怒吼，如同决堤的洪水，汹涌而入，与试图堵住缺口的清军精锐展开了殊死搏斗。
惨烈至极的巷战随即在城内每一个角落展开。清军虽然军心受损，但多铎、鳌拜等核心将领仍在，其骨干部队，尤其是满洲八旗和白甲兵，依旧凶悍异常，展现了强大的个人武勇和战斗意志。他们依仗着街垒、房舍，利用滑膛炮、连珠铳等优势火器，进行逐屋逐巷的顽强抵抗。
那种被戚睿涵等人称为“铁滑车”的、覆盖着铁皮、装有小型火炮和连珠铳的装甲车辆也出现在街头，喷吐着火舌，给缺乏重武器的联军造成了巨大伤亡。每一条街道，每一座房屋，都成了血肉磨坊。弓箭对射，白刃相交，甚至拳打牙咬，双方士兵扭打在一起，用尽一切手段致对方于死地。
鲜血染红了青石板路，汇聚成小溪，尸体堵塞了狭窄的巷弄。战斗从白天持续到夜晚，冲天的火光取代了阳光，照亮了这座正在经历最后痛苦的城市；又从黑夜厮杀到天明，喊杀声和爆炸声从未停歇。城中百姓躲在地窖或残垣断壁中，瑟瑟发抖，祈祷着噩梦早日结束。
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直到第四天午后，城内的枪炮声和喊杀声才逐渐稀疏下来。多铎、阿济格、博洛、鳌拜、尚可喜等清军核心将领，见大势已去，在亲兵卫队拼死护卫下，舍弃了大量部队、伤员和辎重，从联军兵力相对薄弱的北门强行突围，向北仓皇逃去，一路丢盔弃甲。
伤痕累累、弹痕遍体的日月旗和大顺军旗，终于被士兵们高高举起，插上了南阳城残存的、尚在冒烟的城楼，在硝烟末尽的风中猎猎作响！这座饱经磨难的中原坚城，在付出了尸山血海的代价后，终于回到了华夏联军的手中。
联军士兵们疲惫地靠在焦黑的断壁上、瘫倒在血泊未干的街道旁，望着满目疮痍的城池，脸上没有胜利的狂喜，只有劫后余生的茫然与深沉的悲恸。许多人抱着死去的战友遗体，无声地流泪。城内的景象惨不忍睹，断壁残垣，焦土处处，来不及清理的双方士兵遗体交错枕藉，无声地诉说着这场战役的残酷与代价之高昂。胜利的喜悦，被这巨大的牺牲冲得如此淡薄。
几乎在南阳激战正酣的同一时间，另一条战线上的平阳府战场，也迎来了决定性的时刻。
相较于南阳那种硬碰硬、以人命填塞的血腥攻城战，平阳之战更多地体现了大顺军与敌后义军配合的灵活性与战术智慧。戚睿涵与吴三桂、郝永忠、艾能奇等人率领的农民军主力，在正面宽阔的战场上摆开阵势，稳稳地吸引住了清军主将李率泰的注意力。