想起当初马援患病时，虎贲中郎将梁松就前来探望，他独自跪拜在床下，马援却没有回礼。等梁松离开后，马援的儿子们就问道：“梁松是陛下的女婿，在朝廷中地位显贵，公卿以下的人没有一个不敬畏他的，父亲为何独独不对他行礼呢？”马援说：“我是梁松父亲的朋友，他虽然身份显贵，但怎能失掉长幼之序呢？”马援的侄子马严、马敦都喜欢讥讽议论，结交轻浮的侠客。马援之前在交趾时，曾写信告诫他们说：“我希望你们听到别人的过失时，就像听到父母的名字一样，耳朵可以听，但嘴巴不能说。喜欢议论别人的长短，随意批评政治和法律，这是我最厌恶的。我宁愿死，也不愿听到子孙有这种行为。龙述为人敦厚谨慎，言语得体，谦逊节俭，廉洁公正，我敬爱他，希望你们效仿他。杜保豪侠好义，忧他人之忧，乐他人之乐，他父亲去世时，宾客从数郡赶来吊唁，我也敬爱他，但不愿你们效仿他。若是效仿龙述不成，至少还能成为一个谨慎的人，正所谓‘刻鹄不成尚类鹜’；效仿杜季良不成，就会沦为天下轻浮之人，正所谓‘画虎不成反类狗’。”龙述和杜保都是京兆人。后来，杜保的仇人上书控告他，说他行为轻浮，扰乱群众的生活秩序，伏波将军马援曾写信告诫侄子不要效仿他，而梁松、窦固却与杜保结交，以助长他的轻浮虚伪之风，败坏中原的风气。
等到控告的奏书呈上后，刘秀就召见梁松和窦固，并将控告书和马援的告诫信给他们看。梁松和窦固就使劲的叩头，直到流血了，才得以免除了死罪。但是死罪可免，活罪难逃，刘秀就下诏免去了杜保的官职，同时提拔龙述为零陵太守。梁松因此就对马援怀恨在心。
后来，马援在去打武陵蛮的时候，军队驻扎在下隽，有两条路可以走。耿舒觉得走充县那条路好，虽然运粮草麻烦点，但路好走，士兵能放开手脚打仗；马援却认为走这条路太费时间和粮食，不如从壶头进军，只要卡住敌人的要害，充县的敌人自然就垮了。马援把自己的想法报告给了刘秀，刘秀也同意了他的方案。结果军队到了壶头后，敌人就占据高处死守，这时水流又急，船根本开不上去。当时天气特别热，很多士兵都染上病去世了，马援自己也生病了，只能让人在岸边挖洞躲着。敌人每次在高处大声叫嚷挑衅，马援都拖着病体出去查看，身边的人看了都忍不住掉眼泪。耿舒就写信跟哥哥耿弇吐槽说：“我之前说先打充县，虽然运粮困难一点，但起码能够正常作战，大家都想拼命杀敌。现在被困在壶头进退不得，军队都快废了，实在太可惜了！之前大军到临乡的时候，敌人自己就已经乱了阵脚，要是趁夜突袭的话就能把他们全灭了。可是马援就像个西域商人一样，走到哪儿都喜欢磨磨蹭蹭的，所以才会失败。现在果然爆发了疫病，跟我想的一样。”耿弇就把信交给了刘秀，刘秀就派了梁松去问责马援，还让他代理监军。不巧的是，马援这时候病死了，梁松就趁机诬陷他。刘秀一听就怒了，立马就收回了马援的新息侯印绶。
原来，马援在交趾的时候，经常吃薏苡仁，觉得这东西能让人身体轻便，还能预防瘴气。等回朝的时候，他就拉了一车薏苡仁。等他死后，就有人诬告他，说他拉回来的是明珠和犀角这些珍贵东西。刘秀就更生气了。马援的老婆孩子都被吓得不行，甚至都不敢把他的灵柩埋到祖坟里，只能在城西随便找地方下葬。他以前的宾客朋友也都不敢来吊唁。马严和马援的妻儿就用草绳绑着自己，跑到宫门前请罪。刘秀就把梁松的诬告信给他们看，他们这才知道马援被冤枉的原因，于是就连着上了六次书喊冤，里面的内容说得特别凄惨。
就在这时，朱勃就跑到宫门前给刘秀上书说：“马援从西州崛起，一心向往圣贤之道，多次出生入死，在陇、冀两地打拼，他足智多谋，打仗那是攻无不克。他诛灭先零的叛军时，连小腿都被箭射穿了；去交趾打仗的时候，还跟老婆孩子诀别。这次南征，刚打了胜仗，却没能完成陛下交给的任务就死了。士兵染上了病，他也没躲过去。打仗有时候打得久才能立功，有时候急着打反而会失败，深入敌境不一定是好办法，不贸然进军也不一定有错。谁愿意一直被困在危险的地方不想回家呢？马援为朝廷卖命二十二年，北边跑到塞外，南边渡过江海，最后死在战场上，结果名声没了，爵位也没了，封地也没了，大家甚至都不知道他犯了啥错，可他的家人却遭了这么大的罪，让死者没法给自己辩解，让活着的人也没人敢帮他说话，我实在是太痛心了！英明的君主就应该重赏功臣，谨慎的处罚臣子，当初汉高祖给陈平四万斤黄金去离间楚军，他都不过问钱是怎么花的，陛下又怎么能轻易怀疑马援呢？希望陛下让大臣们讨论一下马援的功过，看看能不能恢复他的爵位，好让天下人心服口服。”刘秀看了这封信，气才消了一些。
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其实朱勃这个人，十二岁时就能背《诗经》《尚书》，他又经常去拜访马援的哥哥马况，说话也特别文雅。那时候马援刚开始读书，每次见了朱勃就觉得自己比不上人家，心里还挺自卑的。马况看出了他的心思，就安慰他说：“朱勃是小聪明，本事也就这样了，以后还得跟你学，你别往心里去。”朱勃不到二十岁就当上了渭城宰。等马援封侯的时候，朱勃却还只是个县令。马援后来发达了，虽然还念着旧情，但对朱勃的态度却有点傲慢，可朱勃却对他越来越亲近。等马援被人陷害的时候，只有朱勃一直坚定不移地支持他。
南阳人宗均是马援军队的监军。马援死后，军队里一半多的士兵都因为疫病死了，武陵蛮也因为又饿又困，没力气打仗了。宗均就跟将领们商量说：“现在回去的路途遥远，士兵又病得没法打仗了，我想假传朝廷的命令，招降这些蛮人，你们觉得咋样？”将领们听到这话，都被吓得趴在地上不敢吱声。宗均说：“忠臣在外面，要是有能让国家安定的办法，就可以自己做主。”于是他就假传圣旨，把伏波司马吕种调到沅陵当县长，让他带着诏书去蛮人的营地，给他们讲述朝廷的恩德，自己则是带着军队跟在后面。蛮人那是又惊又怕，在当年十月就杀了首领投降了。宗均进了蛮人营地后，就把他们的人都遣散了，让他们各回各的郡县，还给他们安排了官吏，然后就带兵回去了。武陵蛮的叛乱就这么平定了。宗均还没回到朝廷，就先上书弹劾自己假传圣旨的罪过。刘秀不仅没责怪他，还倒赞赏他立了大功，就派人去迎接他，又给他赏赐了金银布帛，还允许他回家祭祖。
这一年，辽西地区乌桓族的首领郝旦等人，带着手下人归顺了汉朝。接着，刘秀就下诏书封了乌桓族八十一个人当侯、王、君长，还安排他们住在汉朝边塞以内，把他们分散在边境各个郡县居住。朝廷给他们提供吃的穿的，还让他们把其他族人也招来，同时让他们帮忙刺探情报，跟着一起打匈奴和鲜卑。当时，司徒掾班彪向刘秀上书说：“乌桓人天生性子浮躁又狡猾，就喜欢干抢劫的勾当。要是一直由着他们的性子胡来，又没人管，他们肯定还会跑出来抢劫老百姓的。要是只派负责招降的小官吏去管，那根本镇不住他们。我觉得应该重新设立乌桓校尉这个官职，这样既能把他们安顿好，还能减少边疆的麻烦。”刘秀觉得班彪说得有道理，就同意了。随后，汉朝就在上谷宁城重新设立了乌桓校尉这个官职，还在那里建立了办公和驻军的地方。乌桓校尉不仅要管理乌桓族，还负责给鲜卑族发放赏赐、接收人质，以及每年组织双方和汉朝进行贸易往来 。
公元50年正月，刘秀下了道命令，准备给百官涨工资。不过这工资涨得有点不一样，千石以上的大官，工资比西汉时候少了些；六百石以下的小官，工资比以前多了。
这一年，刘秀开始让人给自己修建陵墓。他说：“以前的帝王，陵墓里就拿陶俑、瓦器、木车、草扎的马这些不值钱的东西陪葬，所以后来人都找不到他们的墓在哪里。汉文帝明白生死是咋回事，汉景帝又孝顺，后来天下乱成那样，汉文帝的霸陵都没被盗挖，这多好啊！我打算把陵墓就占个两三顷地，不堆高大的封土，也不挖大水池，就弄点流水经过就行。等以后时间长了，我的陵墓看起来就跟土丘一样。”
随后，刘秀就派中郎将段郴、副校尉王郁去出使南匈奴，帮他们建立王庭，地点就在离五原西部边塞八十里的地方。到了宣读诏书的时候，使者就让南匈奴单于跪下接旨，单于犹豫了一下，才跪在地上听旨。接完旨后，单于就通过翻译跟使者说：“我现在刚当上单于，在手下人面前还有点不好意思，希望使者大人以后别当着大伙的面让我下不来台。”刘秀又下令让南单于搬到云中去住，还专门设置了使匈奴中郎将这个官职，并派军队保护南单于。
到了夏天的时候，南单于抓来的北匈奴薁鞬左贤王，带着手下还有南匈奴这边五个骨都侯，总共三万多人叛变了。他们跑到离北匈奴王庭三百多里的地方，自立为单于。结果才一个多月，他们内部就开始火拼，五个骨都侯全死了，左贤王也自杀了，几个骨都侯的儿子就各自带着兵守着地盘。秋天的时候，南单于把儿子送到了汉朝，算是表示臣服。刘秀就赏赐给南单于帽子、腰带、官印、车马、金银布帛、武器、日常用具等物品。还从河东调了两万五千斛米、三万六千头牛羊，给南匈奴送去。刘秀又让中郎将带着五十个免了刑罚的犯人，跟着单于驻扎在云中，以帮助他们处理两国人民的纠纷，还命令他们监视周边国家的情况。从这以后，每年年底南单于都会派使者给朝廷送奏章，还把儿子送来当人质，汉朝就派谒者把之前的人质送回去，还会赐给单于、单于老婆、左右贤王这些人一万匹彩色丝绸，年年如此。这样一来，云中、五原、朔方、北地、定襄、雁门、上谷、代这八个郡的百姓，就都能回老家了。朝廷还派谒者带着免刑的犯人，回去修整城墙房屋，并把之前迁到内地的边民也送回去，还给他们发钱，调拨粮食。可当时城郭都成了废墟，一切都得从头再来，刘秀这才后悔当初把边民迁走的决定。
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到了冬天，南匈奴那五个骨都侯的儿子，又带着三千人跑回来归附南单于。北单于看到这种情形，就派骑兵追了过来，最后把这些人全抓走了。南单于看到他们不把自己当人，就派兵抵抗，结果没打赢。于是，刘秀就又下令让南单于搬到西河美稷去居住，还让段郴、王郁留在西河帮忙。除此之外，刘秀还让西河长史每年带着两千骑兵、五百个免刑犯人，协助中郎将保护南单于，让他们冬天驻扎在那，夏天再撤回来，以后都这么办。南单于到西河后，就分封了各个部的王，让他们帮助汉朝守着北地、朔方、五原、云中、定襄、雁门、代郡这些地方，还让他们各自带着手下，帮汉朝的郡县去放哨、侦察。这下北单于有点害怕了，就开始把以前抢走的汉朝百姓送回来示好。每次南下抢劫时，要是路过汉朝的哨所，就都会解释说：“我们就是去追那些叛逃的人，不敢欺负汉朝的百姓。”