4. 要求各方“克己”：敦促争论双方“恪守学人本分，就学理论学理，不得诋毁人身，不得煽动舆情，不得以学术之名，行政争之实”。

违者，将依《报律》及学规章程处理。

第二步，是“象征性”的惩处与安抚。

为平息保守派尤其是教会的愤怒，朝廷以“言辞过激，淆乱视听”为由，对几家曾以极端语言攻击宗教、在通俗报刊上狂热鼓吹进化论“社会寓意”的报馆 和激进学者，处以罚款 和短期停刊/停职的轻微处罚。

同时，以“管理不力，致生事端”为由，申饬了格致院 及个别大学堂的负责人，要求其加强对院内学术讨论的管理，防止过度公开化。

另一方面，对教会方面要求“彻底查禁进化论书籍”的诉求，朝廷则以“学理讨论，未便一概禁绝”为由，予以婉拒。

但对教会学校内禁止讲授进化论的做法，则默许不予干涉。

同时，通过亲近官员向教会高层传递信息，表示朝廷尊重其信仰，希望其亦能理解朝廷“昌明学术”的苦衷，勿使事态扩大。

第三步，是“引导”与“转移”。

陈远授意格致院 和官方报刊，将公众的注意力从充满争议的进化论，引向那些争议较小、实用价值更明显、且更能展示“启明”科技成就的领域。

于是，《格致汇编》等刊物开始重点报道铁路新线建设、电报网络延伸、新式舰船下水、化工医药突破、农学新种推广 等方面的进展。

官方舆论大力宣扬“格致致用，富强之本”，塑造一种注重实用、团结奋进、避免无谓内耗 的科技发展氛围。

同时，鼓励学者将研究重点放在那些与国家建设、民生改善直接相关的应用科学和技术领域，如矿物勘探、作物改良、疾病防治、机械制造等，朝廷在经费和荣誉上予以倾斜。

这实际上是在用“胡萝卜”引导科学共同体避开“进化论”这类“雷区”，转向更“安全”且“有用”的研究方向。

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第四步，是“定调”文章的最终升华。

在风波稍平后，陈远再次亲自授意，以“颐养老人”或“观史生”的化名，在《京报》头版发表了一篇总结性的长文。