《本草纲目》引用：卷十二专篇引用
《炼丹药秘诀》
作者：明·胡演（字元海）
《本草纲目》引用：卷九条引升炼法
《名医录》
作者：唐·甘伯宗（一说宋人辑录）
《本草纲目》引用：卷一引历代医家事迹
《艾叶传》
作者：明·李言闻（号月池）
《本草纲目》引用：卷十五条专论
《儒门事亲》
作者：金·张从正（字子和，号戴人）
《本草纲目》引用：卷三伤寒热病引汗吐下三法
《医学启源》
作者：金·张元素（字洁古）
《本草纲目》引用：卷一脏腑虚实标本用药式
《菖蒲传》
作者：明·李言闻（号月池）
《本草纲目》引用：卷十九条专论
《医鉴》
作者：明·龚信
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷一“序例”引医家论说）
《活法机要》
作者：金·杨天惠
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”引伤寒治法
《附子传》
作者：金·杨天惠
《本草纲目》引用：卷十七“附子”条专引其说
《洁古家珍》
作者：金·张元素（号洁古老人）
《本草纲目》引用：卷十四“当归”引其药理
《医学发明》
作者：金·李杲（号东垣）
《本草纲目》引用：卷十一“黄芩”引脾胃论治
《辨惑论》
作者：金·李杲
《本草纲目》引用：卷十二“人参”引用药禁忌
《脾胃论》
作者：金·李杲
《本草纲目》引用：卷三十“橘皮”引调脾胃方
《兰室秘藏》
作者：金·李杲
《本草纲目》引用：卷八“铅丹”引外用方
《东垣试效方》
作者：金·李杲
《本草纲目》引用：卷二十六“大蒜”引治疮验方
《医家大法》
作者：元·王好古（号海藏）
《本草纲目》引用：卷一“序例”引用药总论
《医垒元戎》
作者：元·王好古
《本草纲目》引用：卷十五“麻黄”引伤寒方论
《此事难知》
作者：元·王好古
《本草纲目》引用：卷三“伤寒热病”引辨证法
《阴证发明》
作者：元·王好古
《本草纲目》引用：卷十七“乌头”引阴证治法
《卫生宝鉴》
作者：元·罗天益
《本草纲目》引用：卷十二“黄芪”引补中方
《格致余论》
作者：元·朱震亨（号丹溪）
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”引养生论
《局方发挥》
作者：元·朱震亨
《本草纲目》引用：卷一“序例”批评《局方》用药
《丹溪纂要》
作者：明·卢和（辑丹溪学说）
《本草纲目》引用：卷十八“郁金”引丹溪医案
《丹溪医案》
作者：元·朱震亨（门人杨珣整理）
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”引治气逆案
《丹溪心法》
作者：元·朱震亨（门人整理）
《本草纲目》引用：卷三“痰饮”引化痰方
《丹溪心法附余》
作者：明·方广（增补丹溪学说）
《本草纲目》引用：卷十一“黄连”引火证治法
《丹溪活套》
作者：元·朱震亨（丹溪）
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”引丹溪论痰证治法）
小主，
《丹溪心法》
作者：元·朱震亨（丹溪），明·程充（整理）
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷十四“芳草类”引丹溪论香附调气）
《撄宁心要》
作者：元·滑寿（滑伯仁）
《本草纲目》引用：卷十五“隰草类”引滑氏论菊之功效
《惠民和剂局方》
作者：宋·太医局编
《本草纲目》引用：多卷引用（如卷九“石部”引局方“紫雪丹”配伍）
《三因方》
作者：宋·陈言（无择）
《本草纲目》引用：卷十一“金石部”引三因论“大陷胸汤”
《千金月令方》
作者：唐·孙思邈（孙真人）
《本草纲目》引用：卷二十六“菜部”引孙氏论生姜用法
《济生方》
作者：宋·严用和
《本草纲目》引用：卷三十七“木部”引严氏论茯苓配伍
《易简方》
作者：宋·王硕
《本草纲目》引用：卷十七“毒草类”引王氏论附子炮制
《万全护命方》
作者：宋·杨子建
《本草纲目》引用：卷二十九“果部”引杨氏论桃仁活血
《澹寮方》
作者：元·释继洪
《本草纲目》引用：卷十二“山草类”引澹寮论人参补虚
《是斋指迷方》
作者：宋·王贶
《本草纲目》引用：卷七“土部”引王氏论伏龙肝止呕
《仁斋直指方》
作者：宋·杨士瀛
《本草纲目》引用：卷三十四“木部”引杨氏论乳香止痛
《选奇方》
作者：宋·余居士（佚名）
《本草纲目》引用：卷八“金石部”引余氏论石膏退热
《易简方》
作者：宋·黎居士（佚名）
《本草纲目》引用：卷二十五“谷部”引黎氏论神曲消食
《杨氏家藏方》
作者：宋·杨倓
《本草纲目》引用：卷十四“芳草类”引杨氏论藿香化湿
《济生拔萃方》
作者：元·杜思敬
《本草纲目》引用：卷十三“草部”引杜氏论黄芪补气
《卫生易简方》
作者：明·胡濙
《本草纲目》引用：卷十六“隰草类”引胡氏论车前利水
《卫生家宝方》
作者：南宋·朱端章
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引其治妇人百病方）
《本事方》（《普济本事方》）
作者：南宋·许叔微（字知可，世称许学士）
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”条引其治胃冷久呃方
《鸡峰备急方》
作者：南宋·张锐
《本草纲目》引用：卷十七“附子”条引其治阴毒伤寒方
《传家秘宝方》
作者：北宋·孙用和
《本草纲目》引用：卷十五“菊”条引其治风热头痛方
《养生主论》
作者：元·王珪（号中阳老人，世称王隐君）
《本草纲目》引用：卷十二“人参”条引其补脾汤方
《真西山卫生歌》
作者：南宋·真德秀（号西山）
《本草纲目》引用：卷一“序例”引其养生训诫
《九龠卫生方》
作者：南宋·赵士衍
《本草纲目》引用：卷十八“菟丝子”条引其治消渴方
《岭南方》
作者：唐·王方庆
《本草纲目》引用：卷三十一“槟榔”条引其岭南瘴疠论
《岭南卫生方》
作者：元·释继洪（原题无名氏，实为继洪整理）
《本草纲目》引用：卷十三“山豆根”条引其治喉痹方
《养生必用方》
作者：北宋·初虞世
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”条引其明目方
《普济方》
作者：明·朱橚（周定王）
《本草纲目》引用：广泛引用（如卷五十“豕”条引其治疟疾方）
《医学正传》
作者：明·虞抟
《本草纲目》引用：卷三“百病主治药”引其痰火论
《永类钤方》
作者：元·李仲南
《本草纲目》引用：卷四十六“牡蛎”条引其治盗汗方
《袖珍方》
作者：明·朱橚（周定王）主持编纂
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”条引其治狂犬咬伤方
《医学集成》
作者：明·傅滋
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”条引其治水肿方
《瑞竹堂经验方》
作者：元·萨谦斋（名萨德弥实，号谦斋）
《本草纲目》引用：卷十四“木香”条引其治气滞腹痛方
《溯洄集》
作者：元·王履（字安道）
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷三“百病主治药”引其论伤寒治法）
《医学统旨》
作者：明·叶文龄（字德徵）
《本草纲目》引用：卷十四“当归”条引其方剂配伍
《积善堂经验方》
作者：明·万表（字民望）
《本草纲目》引用：卷十二“人参”条引其补益方
小主，
《证治要诀》
作者：明·戴原礼（一作戴思恭）
《本草纲目》引用：卷三十“枇杷”条引其咳嗽治法
《医学纲目》
作者：明·楼英（字全善）
《本草纲目》引用：卷五十二“人部”引其论针灸与药效
《仁存堂经验方》
作者：明·孙天仁
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”条引其滋阴方
《金匮钩玄》
作者：明·戴原礼
《本草纲目》引用：卷二十六“韭”条引其论血证治疗
《医学指南》
作者：待考（疑为元代医书，作者佚名）
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”条引其泻下方
《颐真堂经验方》
作者：明·杨氏（佚名）
《本草纲目》引用：卷十八“五味子”条引其敛肺方
《玉机微义》
作者：明·刘纯（字宗厚）
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”条引其健脾论述
《医学切问》
作者：明·刘纯
《本草纲目》引用：卷二十“茵陈蒿”条引其黄疸治法
《积德堂经验方》
作者：明·陆氏（佚名）
《本草纲目》引用：卷二十一“香附”条引其调经方
《医经国小》
作者：明·刘纯
《本草纲目》引用：卷一“序例”引其论医理
《医林集要》
作者：明·王玺（字昭时）
《本草纲目》引用：卷二十二“小麦”条引其食疗方
《德生堂经验方》
作者：待考（疑为元代医书，作者佚名）
《本草纲目》引用：卷二十五“酒”条引其药酒配方
《乾坤秘韫》
作者：题“仙”（疑为托名，或指明代道士）
《本草纲目》引用：卷二十七“蒲公英”条引其解毒方
《医林正宗》
作者：明·饶氏（佚名）
《本草纲目》引用：卷二十八“冬瓜”条引其利尿方
《法生堂经验方》
作者：待考（疑为明代民间医方集）
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”条引其活血方
《乾坤生意》
作者：题“仙”（同《乾坤秘韫》托名）
《本草纲目》引用：卷三十一“荔枝”条引其温补论述
《医林集要》（补全作者）
作者：明·周良采（字玉卿）
《本草纲目》引用：卷三十二“胡椒”条引其温中散寒方
《医方选要》
作者：明·刘松石
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引其治妇人百病方）
《保寿堂经验方》
作者：明·窥玄子（姓名失考）
《本草纲目》引用：卷十二“人参”条引其补虚方
《法天生意》
作者：明·杨拱
《本草纲目》引用：卷二十六“蒜”条引其治痈疽方
《医方摘要》
作者：明·陈日华
《本草纲目》引用：卷三十“枇杷”条引其治肺热方
《经验方》
作者：明·梁氏（名佚）
《本草纲目》引用：卷十五“艾”条引其灸法
《总要》
作者：明·梁氏（与前《经验方》或为同一人）
《本草纲目》引用：卷十八“牵牛子”条引其治水肿方
《医方大成》
作者：明·王仲勉
《本草纲目》引用：卷三“伤寒”篇引其配伍法
《经验方》
作者：明·吴球
《本草纲目》引用：卷三十五“巴豆”条引其峻下法
《活人心统》
作者：明·吴球
《本草纲目》引用：卷十九“茯苓”条引其安神方
《奇效良方》
作者：明·方贤
《本草纲目》引用：卷二十九“桃”条引其治狂犬病方
《经验方》
作者：明·刘长春
《本草纲目》引用：卷三十六“枸杞”条引其明目方
《诸证辨疑》
作者：明·吴球
《本草纲目》引用：卷十一“玄参”条引其治瘰疬论
《集效方》
作者：宋·阎孝忠
《本草纲目》引用：卷十七“大黄”条引其泻火方
《禹讲师经验方》
作者：元·禹讲师（名佚）
《本草纲目》引用：卷十四“芍药”条引其止痛方
《儒医精要》
作者：明·赵氏（名佚）
《本草纲目》引用：卷十三“黄连”条引其清热论
《集效方》
作者：明·孙天仁
《本草纲目》引用：卷十六“地黄”条引其滋阴方
《经验方》
作者：明·戴古渝
《本草纲目》引用：卷三十四“沉香”条引其理气方
《濒湖医案》
作者：明·李时珍（自撰）
《本草纲目》引用：自引案例散见各卷（如卷五十“豕”条记其治验）
《试效录验方》
作者：明·龚氏（名佚）
《本草纲目》引用：卷二十八“冬瓜”条引其消渴方
《濒湖集简方》
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作者：明·李时珍（《本草纲目》作者自撰方书）
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引本方治妇人百病）。
《经验济世方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷三十五“槐实”条引治痔疮方。
《蔺氏经验方》
作者：宋·蔺道人（一说佚名）
《本草纲目》引用：如卷十七“附子”条引治中风瘫痪方。
《简便方》
作者：明·杨起（字远林）
《本草纲目》引用：如卷三十九“五倍子”条引治泻痢方。
《试效方》
作者：明·孙一松（孙兆）
《本草纲目》引用：如卷十二“人参”条引治虚劳方。
《阮氏经验方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷三十六“枸杞”条引治目疾方。
《坦仙皆效方》
作者：元·王珪（号坦仙）
《本草纲目》引用：如卷十八“牵牛子”条引治水肿方。
《集验方》
作者：明·董炳
《本草纲目》引用：如卷二十六“生姜”条引治呕吐方。
《赵氏经验方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷三十三“甘蔗”条引治发热烦渴方。
《得效方》
作者：元·危亦林（字达斋）
《本草纲目》引用：如卷二十三“大麦”条引治食滞方。
《集验方》
作者：宋·朱端章
《本草纲目》引用：如卷十四“香附”条引治气郁方。
《杨氏经验方》
作者：佚名（或为宋·杨士瀛）
《本草纲目》引用：如卷三十七“茯苓”条引治心悸方。
《居家必用方》
作者：元·佚名
《本草纲目》引用：如卷二十五“醋”条引治痈肿方。
《经验良方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷三十二“蜀椒”条引治虫痛方。
《唐瑶经验方》
作者：明·唐瑶
《本草纲目》引用：如卷二十八“冬瓜”条引治消渴方。
《卫生杂兴》
作者：明·邓笔峰（邓苑）
《本草纲目》引用：如卷十五“艾叶”条引灸法方。
《救急易方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷二十九“桃仁”条引治跌扑方。
《张氏经验方》
作者：佚名
《本草纲目》引用：如卷三十四“樟脑”条引治疥癣方。
《杏林摘要》
作者：明·王英
《本草纲目》引用：如卷十六“地黄”条引治血证方。
《急救良方》
作者：明·张时彻
《本草纲目》引用：如卷十一“食盐”条引治霍乱方。
《龚氏经验方》
作者：明·龚廷贤（一说龚信）
《本草纲目》引用：散见各卷（如卷十四“当归”条引龚氏方治妇人百病）