原来皇城城防总指挥是一个名叫包慧林的太监，他原来是福王府的安全总管，后来福王朱常洵在黄得功和高杰等军阀的支持下登基称帝，他也被安排为皇城城防提督，也就是现代意义上的城防总指挥。

本来皇城的城防提督一般由留守南京的勋贵担任，但是朱常洵在黄得功等军阀的支持下，任命了朱常洵提名的他的太监包慧林担任皇城城防提督。

但是包慧林的消息非常灵通，他得知北京的太监、宫女青山军没有杀一人，而且安排的都很好。

青山军把太监宫女列入受残害的人员，而且下令以后不准再有阉割人的事情出现。所以他才敢打开京皇城城门，放青山军进来。

而且在包慧林的命令下，皇城所有南明官兵全部放下武器向青山军投降。

皇城收复后，青山军士兵迅速包围了宫城，现在宫城的防守士兵更是兵无战意，将无守心。

特别是禁军士兵看到包慧林都向青山军投降了，所有士兵都眼巴巴看向宫城防卫统领童第庆，童第庆自己也明白，抵抗下去只是以卵击石，但是如果投降又过不了忠君爱国心理关。

所以童第庆急火攻心，一头栽倒在地上，昏了过去。旁边的许多士兵连忙喊道，统领昏过去啦，算了，开门投降吧。大门旁边的禁卫军马上卸下门栓，打开大门。

青山军士兵冲进宫城，将所有人员全部收押。随后又将太监，宫女、弘光帝的家属单独关押。五百斤大胖子朱常洵被押走时都走不动路啦。至此南京城正式宣告全城解放。

青山军宣布南京从即日起全城戒严。根据北京模式处理南京相关事宜。

此时的南京城就是一个大的垃圾堆。青山军首先押着近十五万南明俘虏在全城开展卫生大扫除，特别是外郭和京城的城墙上的尸体和垃圾如果不及时清理，在温度升高且湿度很大的南方很快形成瘟疫。