李定国率领明军，顺利攻占了沈阳。至此，清军的残余势力基本被消灭，大明的疆域已经恢复到了明末的规模。

李定国将顺治帝押回北京，交给永历帝处置。永历帝召集大臣们商议，大臣们有的主张处死顺治帝，以绝后患；有的则主张将顺治帝软禁起来，以示大明的宽宏大量。

李定国站起身，说道：“皇上，顺治帝虽然是清军的皇帝，但如今清军已经被消灭，天下已经重新归为大明。如果我们处死顺治帝，会引起关外少数民族的不满，不利于国家的稳定。臣认为，将顺治帝软禁起来，给予他一定的待遇，是最好的选择。”

永历帝采纳了李定国的建议，下令将顺治帝软禁在故宫的一处宫殿中，终身不得外出。

消灭清军的残余势力后，李定国开始协助永历帝整顿全国的秩序。在军事上，他下令裁军，将军队规模精简到五万余人，保留精锐部队，同时加强对军队的训练，提高军队的战斗力。在政治上，他协助永历帝推行改革，整顿吏治，清除腐败，重用贤能之士。在经济上，他鼓励农业生产，兴修水利，减轻赋税，促进商业发展。在文化上，他恢复了科举制度，推广教育，弘扬大明的文化传统。

经过数年的努力，大明的国力日益强盛，百姓安居乐业，社会稳定，呈现出一派欣欣向荣的景象。各地的反清势力也纷纷被平定，国家实现了真正的统一。

然而，李定国并没有因此而放松警惕。他知道，大明虽然统一了天下，但周边的一些国家仍然对大明虎视眈眈。因此，他下令加强边防建设，派遣军队驻守边疆，防止外敌入侵。同时，他也派遣使者前往周边国家，与他们建立友好关系，互通有无。

在李定国的辅佐下，永历帝也逐渐成熟起来，成为了一位贤明的君主。他勤于政事，关心百姓，虚心听取大臣们的意见，大明的统治日益稳固。

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永历二十年，李定国已经年近花甲。他多年征战，积劳成疾，身体越来越差。他知道自己时日无多，便向永历帝上书，请求辞官归隐。

永历帝得知李定国要辞官归隐，心中十分不舍。他多次挽留，但李定国去意已决。最终，永历帝只得同意了李定国的请求，给予他丰厚的赏赐，让他回到云南养老。

李定国回到云南后，并没有闲着。他在家乡兴办学校，推广教育，帮助百姓改善生活。百姓们都十分感激他，尊称他为“李晋王”。

永历二十五年，李定国病逝于云南家中，享年六十岁。消息传到北京，永历帝悲痛欲绝，亲自下旨，追封李定国为“忠勇王”，谥号“文烈”，并派大臣前往云南，为李定国举行了隆重的葬礼。