朱雄英得知后，龙颜大怒，即刻下诏命秦王朱樉、晋王朱棡、周王朱橚、湘献王朱柏四人率军平叛。

战争的硝烟迅速蔓延至大江南北。

凰武三年春，周王朱橚率军在鄱阳湖斩杀楚王朱桢，叛军群龙无首，士气大跌。

然而，周王朱橚却在班师回朝途中染病，不久便病逝于军中。

诸王余部不甘失败，又拥立代王朱桂为帝，继续与朝廷对抗。

秦王朱樉奉命率军北上，攻打代王朱桂的封地大同。同年九月七日，两军在大同城外展开决战，代王朱桂战死沙场。

这位原本在历史上要活到正统十一年、享年七十三岁的藩王，提前数十年结束了生命，谥号“简”。

代王死后，宁王朱权收编了各地叛王的残兵，在北平称帝，继续与朝廷抗衡。

战争持续了一年多，双方互有胜负，百姓流离失所，田地荒芜。

凰武四年七月二十一日，湘献王朱柏率军与宁王朱权在山海关展开决战。这场战役异常惨烈，尸横遍野，血流成河。

最终，湘献王朱柏与宁王朱权同归于尽，持续三年的藩王之乱才宣告结束。消息传回京城，举国哀悼，朱雄英下令为湘献王朱柏举行国葬，追封其为“忠烈王”。

凰武四年十月十日，秦王朱樉、晋王朱棡凯旋而归，同时还带回了湘献王朱柏的灵柩。朱雄英感念三位叔父的功绩，下旨将他们一并改为马姓。

至此，开国皇帝朱重八的血脉，彻底融入了马氏皇族。

凰武五年，朱雄英论功行赏，封陈亨之子陈懋等六人为伯爵。同时，他再次下令广求贤才，尤其注重寻访那些隐居山林、怀才抱德之士，令官府悉心寻访，量材录用。

经历了三年战乱，北方地区民生凋敝。正如靖难之役后“淮以北鞠为茂草”，山东、北平、河南等地的农田大量荒芜，大批农民流离失所。凰武五年四月，朱雄英着手恢复民生，下旨蠲免赋税：山东、北平、河南遭受战祸的州县，无法耕种的百姓免去三年差税；未受兵祸的地区，与直隶凤阳、淮安、徐州、滁州、扬州一同蠲免秋夏税粮；其余直隶府州、山西、陕西、浙江、福建、江西、湖广、两广、四川、云南等地，蠲免一半税粮。对于山东、北平、淮南北地区的流民，他下令让他们各还原籍复业，所需的种子、牛具由官府给付。