三族大战后，伏羲又出现了，以对抗魔界为名，在神界建立了等级制度，并自封为“天帝”。

规定神族的地位高于人族，由神族统治大地，令人族必须侍奉神族，神族统治神人二界。

此后多年，神族一部分神专心修炼不管俗事，而另一部分神安于享乐渐渐腐败，人类也因为这些腐败对神族积怨已久，终于爆发起义。

天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡维护人类。

女娲这一举动惹恼了天帝，于是天帝下令除去女娲神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到屠杀，因此女娲率领人类对抗神界。

这个时候魔界也蠢蠢欲动，想要掺和一笔，报当年被赶九幽之仇。

五灵魔神带领着其麾下魔兽通过通道重返人间，撕杀人类。

女娲腹背受敌，拼尽全力先封印五灵魔神及众魔兽。

在最后封印水魔神共工时，他拼着一口气趁女娲力量虚弱的时间，撞毁不周山天柱 ，想要拉着人类一起陪葬。

天柱倒塌，天河水流入人间。

洪水肆意冲洗着大地，水碧作为水神这个时候站了出来。

前面的神人大战因为她和女娲的关系，她被其他神将看守着，不许她参与进去，安排她去后方。